Andrey (azangru) wrote,
Andrey
azangru

Category:

Про распространение чуши

Разгадка безумия, о котором я ругался здесь.

Напоминаю историю. Есть книжка изд-ва «Шпрингер» про одно наследственное кожное заболевание. Автор одной из глав творчески копипастит в нее фрагмент из этой статьи. В которой написано:

The C-to-T transition created a new restriction site for the enzyme DdeI. In the presence of a mutant allele, the 273 bp PCR amplification product was digested into four fragments, consisting of a new 241 bp fragment, in addition to the 103, 85 and 38 bp fragments derived from the normal allele (Fig. 3C).

С подтверждающим сие утверждение рисунком:



Автора (творчески копирующего) не смущало, что арифметика не сходилась: 103, 85 и 38 нуклеотидов, якобы образуемые при расщеплении продукта амплификации нормального аллеля, не давали в сумме 273 нуклеотида (заявленная величина этого продукта амплификации). А меня это сводило с ума.

А теперь гениально подсказанная мне разгадка. В 2000 году вышла другая статья, где снова рассказывалось про эту мутацию в данном гене и про обработку продукта амплификации ферментом DdeI:

Detection of recurrent mutations in the LAMB3 gene in patients with H-JEB. (A) The R42X mutation creates a new restriction enzyme site for Dde I, which cuts the 498 bp PCR product in the normal allele to 272 bp, 103 bp, 85 bp, and 38 bp, and in the mutant allele to 240 bp, 103 bp, 85 bp, 38 bp, and 32 bp bands.

Вот они, наши старые знакомые, фрагменты длиной 103, 85 и 38 нуклеотидов. Но теперь становится понятно, что фрагмент в 273 нуклеотида из предыдущей статьи — здесь, видимо, переоцененный до 272 нуклеотидов — это не продукт амплификации, а еще один фрагмент, получающийся после обработки DdeI. А настоящий продукт амплификации имеет длину в 498 нуклеотида. И при мутации фрагмент в 272 нуклеотида тоже расщепляется до 240 и 32 нуклеотидов. И арифметика сходится. И все встает на свои места.

А в книгу, повторяю, был скопипащено ошибочное объяснение картины электрофореза.
Subscribe

  • (no subject)

    Someone's comment on Twitter reminded me how differently we interpret what we experience: My impression from that interview was that Yuri was…

  • (no subject)

    Via Twitter. From the book The Gray Lady Winked, photographed by Michael Shermer: Here's the tweet that the paragraph references (took a while…

  • (no subject)

    To unscramble an egg, by the way, would be a closer idiomatic parallel to ungrinding ground meat, and in spite of Julia Ioffe, is just as dark, blunt…

  • Post a new comment

    Error

    default userpic
    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 0 comments