Несклоняемы фамилии французского происхождения с ударением на конце: Золя, Труайя.
Все прочие фамилии на я склоняемы; таковы Головня, Зозуля, Сырокомля, Гамалея, Гойя, Шенгелая, Данелия, Берия.
Примечание. Фамилии, у которых конечной букве я предшествует гласная буква, в отличие от таких фамилий на а, членятся на основу, кончающуюся согласной йот, и окончание -а (Гамалея — Гамале'j-а).
Грузинские фамилии оказываются склоняемыми или несклоняемыми в зависимости от того, в каком виде конкретная фамилия
заимствована русским языком: фамилии на -ия склоняемы (Данелия), на -иа — несклоняемы (Гулиа).
Это из процитированного на Грамоте руководства.
Рассмотрим простенький случай: фамилия Гамалея, членящаяся на Гамалеj+а, склоняется по 1-му школьному склонению. Нет Гамалеи, дам Гамалее, о Гамалее. Логично?
Возьмем теперь Берию. Ну или ладно, Данелию. Он тоже членится на Данелиj+а и тоже должен склоняться по 1-му склонению. Логично? Так какого же черта дательный и предложный падеж не Данелие (Берие)???